Българският младежки Червен кръст има своя структура, която е организирана в 259 клуба, разпределени в 28 областни организации в страната, координирани от националното ръководство на БМЧК. Благодарение на добре изградената тристепенна структура на организацията в страната, Българският младежки Червен кръст може успешно да реализира своята дейност и да достига до възможно най-много хора. Всеки човек на възраст между 15 и 29 години, може да бъде член на организацията и да участва в клубове на БМЧК, които са и в основата на структурата на БМЧК. Клубовете могат да бъдат организирани в учебни заведения, в зависимост от населеното място или по интереси. Всеки клуб се ръководи от клубен координатор и зам. - клубен координатор, които биват избирани по време на клубното събрание измежду всички членове. Освен споменатите клубове, съществуват и т.нар. „Приятели на БМЧК“, в които млади хора до 14 години, могат да бъдат доброволци, а след навършване на необходимите години да станат пълноправни членове на организацията и да бъдат избирани за ръководни позиции. Клубове на БМЧК има във всички 28 области в страната. Всяка областна организация се ръководи от областен координатор и зам.- областни координатори, избрани по време на Общото събрание на клубовете, в което участват клубни координатори и избрани представители от всички клубове в областта.

Висш форум на БМЧК е Националното събрание на организацията, което се провежда ежегодно. В него участват представителите от всички 28 областни организации в страната, които избират Председател на БМЧК, членове на Изпълнителния съвет (ИС) на БМЧК и Съветник по съответствието. Председателят на БМЧК представлява организация и е член в Общото събрание на БЧК. ИС на БМЧК е главен изпълнителен и разпоредителен орган на организацията, който се състои от председателя на БМЧК и четирима навършили пълнолетие доброволци. Изпълнителният съвет на БМЧК ръководи организацията между Националното събрание. Съветникът по съответствието осъществява контрола в организацията и следи дали решенията на Изпълнителния съвет съответстват с действащите организационни документи.

Всяка от ръководните позиции на клубно, областно и национално ниво е с двугодишен мандат.

Национално ръководство на Българския младежки Червен кръст за мандат 2023 - 2025 г.: